利用游戏自身的刷新与淘汰机制是让村民消失的一种基础途径。在我的世界中，村民的存续与玩家的活动范围及游戏的环境设定紧密相关。一个关键因素是区块加载，当玩家离开村民所在位置超过128格距离时，由于游戏对远处实体的处理机制，这些村民有可能被系统判定为可清理对象从而消失。游戏内的敌对生物，特别是僵尸，对村民构成持续威胁。如果村民在夜间或照明不足的区域遭遇僵尸攻击，且没有有效的庇护或铁傀儡的保护，他们会被杀死或感染，这自然导致了村民的消失。有意地与村民群落保持距离，或创造一个缺乏照明、防护薄弱的环境，可以借助游戏规则使村民逐渐减少。
通过主动干预并改变村民的生存必需条件，可以促使他们无法存续。村民的稳定存在依赖于村庄的判定条件，其中包括足够数量的床和工作站点方块。如果系统无法识别出一个有效的村庄，或者村民的基本需求得不到满足，他们的行为逻辑会出现问题，甚至可能导致其消失。玩家可以拆除村庄内的床和工作站点，如讲台、高炉、堆肥桶等，使村民失业并失去归属的住所。当村民失去职业且没有可认领的床铺时，其行为状态会变得不稳定。尽管这并不总是直接导致立即消失，但破坏了村庄的核心结构，移除了村民繁衍和正常活动的根基，从长远来看会使得该村民群体难以维持。
使用游戏内指令是让村民立即消失的最直接且确定的方法。在开启了作弊功能的世界中，玩家可以通过输入特定的命令来移除实体。可以尝试使用范围清除实体的指令，定位到村民所在的坐标区域进行操作。这种方法完全绕过了游戏的自然机制和生存挑战，能够精确、瞬间地达成让村民消失的目的，适合在需要完全控制场景时使用。
在特定的游戏事件或状态下，村民也可能因特殊规则而消失。在袭击事件中，灾厄村民会攻击并杀死村民。如果玩家成功触发了一场袭击却完全不进行干预，不保护村民，那么袭击者最终会导致村民全部死亡。游戏中存在一些非预期的状态，例如有时村民的职业会发生异常丢失，虽然这本身不直接等同于实体消失，但它关联着村民游戏数据的不稳定性。在某些版本或模组冲突下，这类数据异常有可能与其他问题叠加，最终造成村民实体被移除。确保游戏版本稳定并避免模组冲突，是防止意外消失的需要，反之，则可能创造一个村民容易异常消失的环境。
